Oft wird ihr ein mechanistisches oder technokratisches Menschenbild vorgeworfen. Das liegt zum einen an den Methoden der Lerntheorie, aber auch an den festen Schemata und den Manualen die, die Therapieabläufe vorgeben. Es kommt tatsächlich weniger auf Empathie an, sondern viel mehr auf eine optimale Diagnostik und das Design des Trainings oder des Verstärkerplanes an. Hier brechen selbst viele Therapeutinnen und Therapeuten aus und halten sich nach eigenen Angaben nicht mehr an die strengen Vorgaben. Wie weit dann noch von einer wissenschaftlichen Methode gesprochen werden sollte ist so natürlich fraglich.

Letztendlich kann mit den Techniken und Methoden, Verhalten in jede beliebige Richtung manipulieren werden. Eine kritische Haltung den jeweiligen Bedingungen der herrschenden Bedingungen und dem Systems gegenüber wird nicht eingenommen. Sie nimmt eine technisch-positivistische Wissenschaftsauffassung ein, dies ich leicht an statistischen Erhebungsmethoden anpassen lässt und der medizinisch pharmakologischen Sichtweise von Reiz-Reaktion-Schemata folgt. Folglich beschränkt sich die therapeutische Beziehung hier nur auf die Herstellung einer wirksamen Arbeitsbeziehung. Eine untersuchende Beziehungsarbeit, die der Reifung oder Emanzipation dient, wird als unwissenschaftlich abgetan. Eine Aufarbeitung von unbewussten Vorgängen, blinden Flecken oder Mustern ist ebenfalls nicht vorgesehen, weil diese nicht als „beobachtbares Verhalten“ angesehen werden. Unbewusste Vorgänge:Innere Konflikte, Abwehrmechanismen wie Verdrängung oder Therapiewiederstände, psychische Strukturen, Komplexe, Psychodynamiken, Bindungstypen oder gar die Entwicklungspsychologie usw. werden als nicht belegbarund unwissenschaftlich angesehen. Dies geschieht obwohl diese Phänomene und Modelle seit nun mehr als 120 Jahren von erfahrenen Experten in Behandlungen beobachtet und beschrieben werden. Inzwischen werden einige dieser Phänomene selbst von den naturwissenschaftlich ausgerichteten Neurowissenschaften belegt, was jedoch nicht zu einem Umdenken führt. Dementsprechend werden in der Ausbildung kaum Selbsterfahrungsinhalte vermittelt, wie es beispielsweise in der Psychoanalyse üblich ist. Dort sollen die Therapeuten oft in vielen hundert Stunden eigenen Anteile erkennen um diese nicht bei den Patienten unterzubringen.

Trotz der schier erschlagenden Fülle wissenschaftlichen Belege der Wirksamkeit, zeigen neuere Studien eine höhere Rückfallquote gegenüber tiefenpsychologischen oder psychoanalytischen Verfahren. Zudem sind viele Studien im Hochschulbetrieb und zweifelhaften wissenschaftlichen Standards erstellt worden.

Zuletzt muss auch die Lobbyarbeit kritisiert werden, die sämtliche Verfahren in der Landschaft der PT sowohl in der Lehre als auch in der Klinik bei Seite drängen um eigene Marktanteile zu sichern. Im Gesundheitssystem versucht sie sich als billigste und effizienteste Therapieform in Konkurrenz zu anderen Therapieformen zu etablieren. Defizite im eigenen System versucht sie anhand der Übernahme von Technikelementen anderer Ansätze zu kompensieren ohne deren tiefere Bedeutung zu erfassen oder diese Haltungen zu integrieren.